Moin Matthias,
mein NX4 ist dicht, daher nur Grundsätzliches:
Regenwasser ist im Vergleich zu Leitungswasser viel weicher (sprich es fehlen die Mineralien incl. Kalk). Dadurch ist es auch "fließfreudiger", was sich in der Werkstatt schlecht reproduzieren lässt.
Dichtungen in Türen haben verschiedene Funktionen. Zum einen Wasserdichtheit, sie beteiligt sich aber auch an Themen wie Windgeräusche beim Fahren, Außengeräusche allgemein, auch Innengeräusche nach Außen
usw. Lass den Fachmann ran, vll. ist nur die Dichtung irgendwo nicht richtig montiert. Da Garantie hat dein
auch erst den einfachen Weg gesucht, der weiß das nämlich alles auch... 
OT am Rande: Hatte vor 30 Jahren mal einen nagelneuen Citroen AX Dreitürer, bei dem die Ausstellfenster hinten undicht waren. Hat die Werkstatt nicht hingekriegt und irgendwann Ablauflöcher in das Dichtprofil gemacht. Beim Facelift (den hatte ich auch) waren die Löcher später Serie!